هناك عدة تصنيفات للناسور الشرجي ، فمن هذه التصنيفات الناسور الشرجي العالي والناسور الشرجي المنخفض ، فالناسور الشرجي العالي تكون منطقته هي التجويف الشرجي المستقميمي في المنطقة العليا منه وهنا يكون خطر سلس البراز عال جدا ، أما الناسور الشرجي المنخفض فيكون في أسفل التجويف المستقيمي الشرجي ويكون خطر سلس البراز أقل
والتصنيف الآخر هو إلى بسيط ومعقد ، فالمعقد يطلق عندما تكون قناة الناسور تقطع الصمامات الشرجية الداخلية والخارجية جميعها أو عندما يكون علاج الناسور صعبا أو في حالة تأثير الناسور على الأعضاء المجاورة له ، أما التصنيف الأخير وهو الأكثر شيوعا فهو تصنيف الناسور بحسب مروره داخل الصمامات أو خارجها ، فالنوع الأول هو الناسور داخل المصرات ويشكل ما نسبته 45% من الأنواع ، ويعبر الناسور خلال الصمام الشرجي الداخلي لكنه لا يعبر خلال الصمام الشرجي الخارجي
أما النوع الثاني فهو النوع العابر للمصرات ويشكل ما نسبته 45%من جميع الأنواع ، ويمر من خلال المصرين الداخلي والخارجي معا ومن ثم إلى منطقة الحفرة الاسكية المستقيمية ليصل إلى جلد الإلية ، والنوع الثالث وهو النوع المار فوق المصرات وهو نادر الحدوث ويشمل جهاز المصرات بشكل كامل ، والنوع الرابع وهو النوع المار خارج المصرات وتمتد من الفوهة الداخلية للأمعاء إلى المستقيم القريب وتشمل جهاز المصرات بشكل كامل .