هناك العديد من المسببات للناسور منها : مرض كرون ، ومرض التدرن، والسرطانات ، والأجسام الغريبة ،والعمليات الجراحية ، ومرض الحارش ( وهو مرض ينتقل من البقر إلى الإنسان وتسبب بكتيريا معينة ) ، وفي حالة الناسور الشرجي بشكل خاص من الممكن أن يكون ما يسمى بازدواجية المستقيم السبب في ذلك ، وفي حالة الناسور الهوائي للحنجرة فمن الممكن أن يكون السبب خلقيا وراثيا بشكل خاص
وفي كثير من حالات الناسور الشرجي يكون سببها غير خاص وغير معروف لكن سبب تكونه بشكل خاص من ناحية آلية المرض هو حدوث التهاب في الغدد الشرجية ، فلدى معظم الناس تتوضع من 8-10 غدد شرجية على محيط القناة الشرجية في مستوى الخط المسنن وسد المجرى الداخلي للغدد الشرجية يسمح بالنهاية بحدوث خراج شرجي ، ومع تكرر حدوث هذه الخراجات الشرجية ينتهي الأمر بحدوث الناسور الشرجي ،أما بالنسبة لانتشار المرض فانه ولأسباب غير معروفة يكون الشق الشرجي أكثر في الرجال منه في النساء ، ونسبة الشق الشرجي هي 4 من كل 100.000 شخص سنويا في أوروبا ، ويصيب الشق الشرجي بشكل خاص الرجال في العقد الثالث والرابع والخامس من العمر، ويزداد احتمال ظهور الناسور بكافة أنواعه بعد العمليات الجراحية بشكل خاص .