يؤثر الباركنسون على الأعصاب المفرزة لمادة الدوبامين ، حيث يقوم بتدمير الأعصاب المنتقلة من المادة المفحمة في الدماغ الأوسط إلى العقد القاعدية ، وعند القيام بالتشريح بعد الوفاة يلاحظ تأثر المادة المفحمة عن طريق اختفاء صبغة الميلانين فيها
أما تحت المجهر فيلاحظ فقدان الكثير الأعصاب في منطقة المادة المفحمة ، كذلك عند القيام بالفحص المجهري للأعصاب المتبقية يلاحظ وجود أجسام مميزة داخل هذه الخلايا العصبية والتي يطلق عليها اسم أجسام ليوي ، وعادة ما تظهر أعراض مرض الباركنسون بعد فقدان 60-80% من الأعصاب المنتقلة من المادة المفحمة إلى العقد القاعدية ، و عندما يتم فقدان الدوبامين فان النواقل العصبية الأخرى تزداد خاصة الناقل الكوليني ، حيث أن نقص الدوبامين وزيادة الناقل الكوليني يؤدي إلى مرض باركنسون .