يعد الحمل و المفاهيم الخاصة بالحمل و صحة الجنين مفاهيم معقدة , حيث تحرص كل مرأة حامل على صحة جنينها خلال فترة الحمل الى موعد الولادة, و لكن قد تتعرض لمشاكل اثناء فترة الحمل و هو ما يؤثر على صحة الجنين .عادة ما تسبب المشكلات التي تحدث عند الحمل عن أخطاء في الكروموسومات أو تشوهات لا يمكن تجنبها. و يكون سبب تشوه الجنين عوامل من سلوكيات الأمهات الخاطئة أو عوامل داخل الرحم نفسه .
اضطرابات الكروموسومات او شذوذ الكروموسومات شائعة في الحمل. الجينات الشاذة لايمكن تجنبها أو يمكن حلها. و تشمل بعض التشوهات الجينية حيث تنتج من ثلاث نسخ من جين معين موجود بدلا من اثنين في الوضع العادي و التثلث الصبغي 21 المعروف باسم متلازمة داون و يشمل ايضا التثلث الصبغي 18 و التثلث الصبغي 13. تعد متلازمة داون هو التثلث الصبغي الأكثر شيوعا من تشوهات الجنين. هناك أنواع أخرى من التشوهات الجينية قد تكون موروثة أو قد تحدث من خلال الطفرات العفوية, و تسبب بعض الأمراض الوراثية مثل المواء و التي تشمل متلازمة رأس صغير و التخلف الشديد و تأخر في النمو. العيوب الجينية الموروثة مثل متلازمة مارفان حيث يتميز بالنسيج الضام غير الطبيعي في جميع أنحاء الجسم و يمكن أن تنتقل إلى الطفل من قبل أحد الوالدين أو كليهما. هناك عوامل ايضا التي تحيط بالجنين و التي تسبب تشوه الجنين مثل السائل الذي يحيط بالجنين و دوره يحيط ويحمي الجنين. عادة يمكن أن يسبب تشوهات و تعتبر قلة السائل السلوي هو انخفاض مستوى السائل الذي يحيط بالجنين. اي إذا كانت مستويات السائل منخفضة في الجزء الأول من الحمل يتعرض الجنين من ضغط على جدران الرحم وتشوهات في أجزاء الجسم يمكن أن تحدث للجنين.
أسباب تشوه الجنين قد ترتبط بعض العوامل التي تتداخل مع تطور الجنين الطبيعي وراثياً إلى سلوكيات الأمهات و الأمراض ومن هذه السلوكيات تناول الكحول او متلازمة الكحول الجنينية و هو أفضل مثال على سلوك الأمهات الذي يسبب تشوهات الجنين. ويرتبط مرض السكري مع احتمال التشوهات الجنينية الكبرى , و الالتهابات التي تحدث في الأشهر الثلاثة الأولى يمكن أيضاً أن يسبب تشوهات الجنين, أو الحصبة الألمانية , مرض الجدري ، وداء المقوسات تناول الأدوية مثل الثاليدومايد في وقت مبكر من الحمل يمكن أيضاً أن يسبب تشوهات الجنين الرئيسية, و ترتبط الأدوية المضادة للمصادرة أيضاً مع التشوهات الخلقية. ايضا يرتبط تدخين السجائر مع تقييد نمو الجنين و الولادة المبكرة التدخين قد يسبب أيضاً مشاكل مع تطور الدماغ و نظام القلب والأوعية الدموية و الجهاز التنفسي .التعرض للماريجوانا أثناء الحمل قد يؤدي إلى انخفاض الوزن عند الولادة، و نزيف داخل الجمجمة و انخفاض نسبة السكر في الدم و انخفاض مستويات الكالسيوم في الدم، أو التهاب في الدم يسمى تعفن الدم. استخدام الماريجوانا في فترة الحمل يمكن أن يسبب مشاكل أخرى في الطفل مثل سوء التغذية، والتهيج، والتنفس السريع.استخدام العقاقير الأفيونية مثل الهيروين أو الميثادون خلال فترة الحمل يمكن أن يؤدي إلى تقييد نمو الجنين و الولادة المبكرة و انخفاض الوزن عند الولادة.من المعروف أن تعاطي الكوكايين يسبب مشاكل عديدة خلال الحمل. و تشمل هذه الإجهاض تقييد نمو الجنين، و استخدام الكوكايين يمكن أن يؤدي إلى صغر الرأس و الدماغ صغير جدا.يمكن أن الأشعة السينية يسبب مشاكل مع نمو الجنين و الإشعاع و العلاج الكيميائي من الاسباب التي تؤثر في تشوه الجنين.